混凝法是向制藥廢水處理水中加入混凝劑，通過產生吸附、中和廢水中微粒間電荷、壓縮擴散雙電層產生凝聚作用，通過破壞廢水中膠體的穩定性，使污水中的粒子聚合、集結而沉淀去除的處理方法。混凝法處理難降解制藥廢水，既能降低污染物濃度又可以提高廢水的可生化性能。常用的混凝劑有：聚合硫酸鐵、氯化鐵、聚合氯化鋁、聚合氯化硫酸鋁鐵、聚丙烯酰胺(PAM)等。利用混凝-Fenton對某制藥廢水生化處理后的出水進行深度處理，通過投加1.5mL的混凝劑PAM后，再進行Fenton試劑氧化處理，廢水中的COD去除率明顯提高。而利用混凝預處理某制藥廢水，CODCr平均去除率可達到17.3%。

       吸附法是利用吸附劑吸附廢水中的污染物以回收或去除污染物，從而達到凈化廢水的方法。常用的吸附劑有活性炭、粉煤灰、爐渣、膨潤土、高嶺土等。活性炭是目前吸附劑中去除效率較好的，但處理成本也是極高的，會大大增加廢水的處理成本。為達到處理效果，同時節約處理成本，目前很多研究者常采用活性炭與其他方法聯合對難降解制藥廢水進行處理。利用混凝/活性炭吸附及其組合工藝對內蒙古某制藥廢水二級生化出水進行處理，結果表明：活性炭單獨對廢水中的微生物代謝產物、腐殖酸和富里酸吸附效率均達到90%以上。采用混凝/吸附組合處理總COD去除率則可達到76%以上。而采用Fenton氧化-活性炭吸附協同處理工藝對制藥廢水二級生化出水，在好的處理工藝條件下，COD去除率可達到68.5%。