1、水質的不確定性

　　選擇的氣化工藝與煤種直接決定了煤氣化廢水的水質，因為不同煤氣化項目的選擇方案各有千秋，因此廢水水質也不盡相同，這就造成了廢水水質極大的不確定性，增加了廢水處理技術的選擇難度。另外，煤中的硫在氣化過程中會產出有機硫化物和無機硫化物，硫化氫是無機硫化物的主要構成部分，無機物中大約占比90%，而CS2是有機硫化物的主要構成元素，除此之外還有硫茂、硫氧化碳等，這些都是很難進行生物氧化的，很難對其進行降解，所以說，不同的含硫量在很大程度上也影響著處理效果。

　　2、污染物處理困難

　　廢水處理效率的主要限制性因素是煤氣化廢水中含有的各種各樣的污染物，它們具有高復雜性、高濃度甚至有毒性的屬性。比如常見的氨氮、COD、石油類、酚類等的濃度都十分高，極大的增加了物化與生化處理負荷的難度。

另外，廢水中不僅含有氧化合物，還存在多種含氮、含碳化合物，其中有相當一部分化合物很難進行生物降解，即使不會危害到微生物，但是在濃度到達一定高度時，有可能影響到微生物的生存發展，而我國對這方面的了解與認知還不成熟。中科院生態環境研究中心有數據表明，在對這類廢水的檢測中，檢出173種有機物，有71種屬于含氧有機物，占比41%，其中有42種酚類占比24.3%;脂肪烴的占比是13.9%;含氮化合物的占比是27.2%。除此之外，檢出28種無機元素，主要有鈣、鉀、硫、砷等8種;檢出1種陰離子，主要由硫酸、氯和氟構成，污染物的復雜性也大大增加了處理難度。