在制藥生產過程中，不可避免的會產生一些工業廢水，即制藥廢水。它主要包括這幾個類型：中成藥制作時生成的工業廢水，合成醫藥制作中生成工業廢水，抗生藥物制作時生成的工業廢水以及多種醫藥制劑制作中生成的工業廢水等。工業廢水的特點是化學組成復雜以及含有較大的有害物質，成為了目前水污染最為主要的一個來源。針對不同制藥廢水的特點和化學組成，制藥廢水技術也因此變得不同。在制藥公司或企業生產制藥時，所附帶生產的制藥廢水使用相應的技術和措施來進行對廢水的降解和凈化，就叫做制藥廢水處理技術。

一般的處理廢水應用方法為：

1、物化處理方式。

依照制藥廢水的不同特點，使用預先準備的處理方法和后續進行的處理工序。

2、化學處理方式。

預先設計好相應的化學處理步驟，對相關的藥劑過量排除引起的二次水源污染進行化學處理。

3、生化處理方式。

此種方式是日前制藥廢水處理技術應用最多的處理技術，使用生化處理制藥廢水能夠起到預防污染環境的作用。因此，使用較為科學先進的制藥廢水處理技術能將工業廢水的污染降到所處環境可以凈化的范圍，從而起到保護生態環境的作用。