廢水處理生物脫氮除磷的關鍵因素在于微生物要發揮其最大的功效。影響微生物的主要因素包括碳源，氮源（廢水），氧氣濃度，pH，溫度，反應時間。

1、碳源

微生物生長必須具備合適的碳源，脫氮除磷的細菌常可用的碳源可以分為三類：易于生物降解的有機物，可慢速降解的有機物，體內儲能物質。不同碳源可誘導硝化細菌、反硝化細菌或聚磷菌微生物在系統中占據優勢地位，以實現最佳效果。其次，碳源的含量也會對微生物造成影響，碳氮比主要影響自養微生物硝化細菌的比例。因此，在工程應用中應注意調節進水碳源比例。

2、氧氣濃度

因為生物脫氮除磷涉及到好氧菌、兼性厭氧菌，因此氧氣濃度對不同微生物的作用尤為明顯，是生物脫氮除磷工藝的重要控制條件。如當溶氧量處于飽和時，氨氮全部轉化為硝氮，而當溶氧量降為小于0.1mg/L-1時，利于反硝化細菌的生長繁殖，反應器中亞硝氮大量積累。

3、pH值

微生物對pH值的變化敏感，研究表明，硝化細菌硝化反應最佳pH7.5～8.0，反硝化作用的最佳pH6.5～8.0。pH過高或過低都會對細菌的代謝造成影響，進而影響硝化作用或者反硝化作用。pH值對生物除磷性能的影響也較顯著，如pH值在厭氧釋磷階段可影響污水中的揮發性脂肪酸進入細胞的過程。

4、溫度

微生物有其發揮活性的最適溫度范圍，生物脫氮除磷涉及到硝化細菌、反硝化細菌、聚磷菌參與反應。研究發現：硝化反應的最佳溫度范圍在27±7℃，反硝化作用最佳溫度為40±5℃，而除磷效果最佳溫度為在20℃。